På nordvæggen og i triumfbuen fandt man spor af kalkmalerier ved en undersøgelse i 1906, men da de var meget medtagne, valgte man at kalke dem over igen. Der er tale om billeder fra o. 1500. De er i givet fald samtidige med dem i Vrå, og man kan forestille sig, at de er malet af den samme hånd.
Efter at tiendeafløsningen fandt sted i 1908, overgik Em kirke til selveje i 1910. Det betød, at menigheden på en helt anden måde blev engageret i kirkens vedligeholdelse og udsmykning. Således blev der indsat nye bænke (de nuværende). Kirken modtog mange gaver: lysekronerne, den syvarmede lysestage på alteret, alterdug og dåbskande, men også en ny kirkeklokke og restaurering af det historiske træværk blev udført for gaver og på anden måde indsamlede midler.
Det var også takket være gaver, at det blev muligt at anskaffe et harmonium i 1925. Det blev i 1947 erstattet af kirkens første pibeorgel, der blev købt brugt af Hornbæk kirke ved Randers. I 2000 fik kirken fik nyt orgel igen. Det er bygget af Gunnar Fabricius Husted, Fredensborg, og facaden er tegnet af arkitekt Jørgen Ussing Bømler, Løkken. Orglet har manual og pedal med 6 stemmer - principal, rørfløjte, oktav, tværfløjte, spillfløjte og subbas. Alle stemmer er delt i bas og diskant.