Døbefonten er overført fra den gamle kirke. Den er smykket med bueslag og en række tegn og symboler: et kors, et træ, en runeindskrift, et hagekors, en lilje, et Johanneskors, en halvrund skive over en rund skive.
Runeindskriften består af de tre bogstaver GUD.
I hele Danmark findes der kun 9 døbefonte med runeindskrifter. Heraf findes de tre i Aalborg Stift. Udover Lyngby er det Ørum kirke i Vendsyssel, og Skyum kirke. Bueslagene på døbefonten i Ørum har desuden stor lighed med Lyngby.
Hagekorset - eller svastika - er et gammelt lykkebringende tegn med rødder tilbage til tiden før kristendommen.
Fonten står på en nyere fod.
Fadet er af drevet kobber og skænket til kirkens indvielse i 1914 af to af sognets tidligere præster, C.P. Møller og P.A.V. Freuchen.
Lilje
Johanneskors
En halv rund skiver over en rund skive. Betydningen er uvis.
Kors
Træ - måske Livets Træ?
Runeindskrift: GUD
Hagekors - eller svastika. Når korsarmene peger til højre som her, er det et lykkebringende tegn. Men hvis de drejer til venstre, er det et symbol for den nedgående sol - og dermed for ulykke og død.
