Døbefonten er en af de forholdsvis få middelalderfonte i danske købstadkirker. I Aalborg Stift er det foruden Nibe også Thisted og Nykøbing M. Helt usædvanligt er døbefontens bemaling delvis bevaret. Tydeligst ses en grøn hængende bladranke. I første halvdel af 1800-tallet blev der udstedt en forordning, hvorefter alle døbefonte skulle afrenses for spor af den maling, der var almindelig i middelalderen. Men den bestemmelse har man altså ikke efterlevet i Nibe!
I bunden af dåbsfadet ses bogstaverne IHS (Jesus Hominum Salvator - Jesus menneskenes frelser). Foroven en simpel fremstilling af Johannes, der er i færd med at døbe Jesus. På fadets rand står der: »Anders Lavridsøn Karen Søfrensdaatter Anno 1700«. Anders Lauridsen drev blandt meget andet en købmandshandel i byen.
Fra en regnskabsbog fra 1671 vides det, at der har været et låg til fonten, men det findes ikke mere.
