Nibe kirke er gotisk. I middelalderen var Nibe anneks til Vokslev, hvis kirke er bygget o. 1200. Nibe kirke er bygget midt i 1400-tallet og indviet til Skt. Jost. Det fremgår af protokollen for købmandsgildet »Guds Legems Lav« i Aalborg, idet præsten hr. Lokke var optaget i lavet 1431-56. I protokollen står der: »Her Lokke som fundet oc styffte sti Josts capelle i Nibe«. Fra o. 1430 var hr. Lokke sognepræst i Vokslev, og meget taler således for, at han har været initiativtager til kirkebyggeriet i Nibe.
Kirken består af skib og kor, der går ud i ét, våbenhus og korsarm mod syd og tårn mod vest. Oprindeligt har kirken haft et kor af sædvanlig middelalderlig type, men allerede o. 1500 er skibet blevet forlænget mod øst, og koret har fået den nuværende afslutning. Korsarmen mod syd (der har aldrig været en mod nord) og våbenhuset er samtidig med østforlængelsen.
Støttepillerne på nordmuren er bygget i 1990 i forbindelse med en stor restaurering. Kirken er bygget på sandgrund, og når den bliver mættet af vand, sætter murene sig. Det har altid været et problem, og allerede o. 1597 (dendrokronologisk datering) har man opsat bindebjælker inde i kirken.
Kirken har to klokker fra 1646. Klokkestøberen er ukendt. En tredje klokke fra 1736 er støbt af Caspar Kønig.