I 1086 opholdt kong Knud den Hellige sig på sin kongsgård Børglum. Det tyder på, at stedet på daværende tidspunkt har været etableret som kongsgård.
Stiftet blev oprettet ved Svend Estridsens reform 1060. Måske er Børglum blevet etableret som bispesæde i den forbindelse. Måske har bispesædet først været i Vestervig. Det står hen i det uvisse. Men fra 1139 er der vidnesbyrd om, at bispesædet lå i Børglum.
I 1100-tallet bliver der etableret et præmonstratenserkloster i Børglum. Munkene fungerede tillige som domkapitel, hvilket betød, at Børglum blev anset for det fornemste af de danske præmonstratenserklostre.
Børglum stift omfattede Vendsyssel, Hanherred, Thy og Mors - altså de samme områder som det nuværende Aalborg stift med undtagelse af Aalborg og Himmerland, der hørte til Viborg stift. Det vestlige Himmerland ligger stadig i Viborg stift.
Kloster og bispestol var to selvstændige og adskilte institutioner. Biskoppen boede således udenfor selve klosteret. Klosteret fik efterhånden kolossale jordtillingender. Herregårdene Højris, Tidemandsholm, Burholt, Birkum og Hammelmose er blot nogle få af dem. Det siges, at man kunne rejse fra Sæby tværs over Vendsyssel til Børglum og derfra til Rødslet vest for Nørresundby - uden at forlade klosterets ejendom.
Klosteret blev styret af en provst, der ofte var adelig. Der var en katedralskole. Vi ved ikke meget om den, men i 1389 bestemte dronning Margrethe I, at på hendes og hendes forældres sjælemessedag skulle biskoppen på det bedste beværte provst og kanniker, og peblingene skulle »gives 1 td. øl og 100 brød og mad dertil.«
Efter reformationen blev bispesædet flyttet fra Børglum. I de første var det placeret i forskellige byer i stifet: Nykøbing, Thisted og Hjørring, inden det ved kongebrev af 29. september 1554 blev flyttet til Aalborg.
En ung kannik blev ansat som sognepræst og fik lov at blive boende på klosteret - i over 40 år. I 1579, da man skulle ansætte en ny sognepræst, måtte man finde en anden løsning på boligspørgsmålet. Man anskaffede da Børglum Østergård til præstegård. Den lå, hvor den nuværende præstegård ligger i udkanten af Børglum by. I 1875 blev de gamle bygninger erstattet af den nuværende præstegård.
Klostergodset blev givet som kongeligt len til en række lensmænd. Den sidste var Godslev Budde til Rødslet. Han ejede det fra 1579 til sin død 1622. Han fik tilladelse til at nedrive kirkens korsarme for at få materialer til vedligeholdelse af de sørgeligt forfaldne bygninger. I de følgende år var der flere ejere. En, der kom til at betyde noget for både klosteret og kirken, var Frederik Kær, der i 1735 blev adlet med navnet Kjærskjold. Det meste af kirkens inventar stammer fra ham.
Ved Frederik Kærskjolds død overtog svigersønnen, generalbygmester Laurids de Thurah, Børglum Kloster 1750-56. Han købte orglet til kirken i 1750 - det orgel, som stadig er i brug. Han foretog desuden en ombygning af alle bygninger og gav dem det udseende, de har i dag. Laurids de Thurah havde regnet med at blive i Børglum til sine dages ende, men solgte allerede i 1756 Børglum Kloster til Jens de Poulson, der med nød og næppe overlevede et attentat foretaget af en utilfreds bonde fra sognet. Samme Jens de Poulson har 1762 skænket præsteembedet et hjemmeberettelsessæt.
Den følgende ejer var N.F. Hillerup til sin død i 1819. Hillerup ejede også Vrejlev Kloster, og hans enke førte begge gårde videre til sin død 1835. Samme år købte cand.jur. Christian Michael Rottbøll Børglum Kloster, og godset og kirken har været i slægtens eje lige siden. Kirken er således en af Danmarks få privatejede kirker. Den stilles til rådighed for sognets gudstjenester og kirkelige handlinger.