Midterskabet er fra en lutheransk fløjaltertavle fra 1580-90. Søjlerne, der står inde i rammen har buede skafter og kapitæler med blade. Den har to trekantgavle med englehoveder og fire spir. Nadverbilledet er udført af Jens Thrane i 1710. Det blev kraftigt opmalet omkring 1850, men ved en istandsættelse i 1933 blev Thanes oprindelige staffering genskabt. Det gælder også marmoreringen på søjleskafterne. Ved samme lejlighed blev der tilføjet to sidefløje - også de med spir og trekantgavle. Se billedserien af, hvordan kirken så ud før restaureringen.
Sidefløjene er udført af Maja Lisa Engelhardt i 2008. Det er relieffer i forgyldt og forsølvet bronze. Hun har udnyttet muligheden for, at tavlen kan lukkes. Når den er lukket, ses Jesu grav med stenen, der er lagt foran. Fløjen mod nord viser i åben stand den tomme grav. Det ses som et aftryk af den døde: Kristus har været i graven. På sydfløjen ses den opstandne som et lys i mørket.
Det er blevet skik i Lodbjerg kirke at holde altertavlen lukket i fastetiden og åbne den under den første salme påskedag. Den er ligeledes lukket ved begyndelsen af gudstjenesten alle helgens dag, men åbnes så.
Maja Lisa Engelhardt har også udsmykket prædikestolen. Se også koret i Skelund kirke og Mou kirke.
Alterdugen er kniplet af Vera Møller 2008.
Alterstagerne er sengotiske og formodentlig af samme alder som kirken.