Allerede i slutningen af 1800-tallet var der på grund af Maarup kirkes efterhånden særdeles afsides og udsatte beliggenhed planer om at flytte kirken, eller om at opføre en ny kirke i Maarup sogn. Først langt senere kom der dog rigtig skred i sagen.
Lønstrup kirke er opført i 1926-28 efter tegninger af arkitekterne Valdemar Schmidt og Charles Jensen. Indvielsen fandt sted den 23. september 1928. Se også
Tårnet blev først rejst til sin fulde højde i 1939.
Klokken er støbt i 1938 af De Smithske.