Orglet er købt brugt i 1750 af Laurids de Thurah. Orgelværket menes at stamme fra begyndelsen af 1600-tallet. Orglet har kun været restaureret to gange, nemlig i 1909 og i 1979.
I 1909 var orglet i sørgeligt forfald. Orgelbygger Immanuel Starup forestod ombygningen, der var ganske drastisk og uden hensyn til orglets historiske klang. Han tilføjede nogle stemmer efter tidens smag. Starups klanglige forbillede var det franske orgel fra 1890 i Jesuskirken i København, der var helt fremmed for Børglum Klosterkirke.
Starup valgte at tilføje en Bordun 16', da orglet manglede fylde i klangen. Det var der god mening i, da orglet ikke havde noget pedalværk.
Der findes ingen skriftlige kilder om orglet før restaureringen i 1909. Til gengæld har der stået et orgel i Nørre Tranders kirke indtil o. 1810, som er omhyggelig skriftligt dokumenteret. Orglet i Nørre Tranders har haft en forbløffende lighed med Børglum-orglet. Disse kilder har derfor været grundlæggende for restaureringen i 1979.
Denne restaurering blev forestået af orgelbygger Poul-Gerhard Andersen. Et hovedsynspunkt var at bygge et nyt pedalværk og rekonstruere manualværket. Pedalværket er indbygget i sit eget hus bag orglet. I dette hus er orgelblæseren også indbygget.
Rekonstruktionen af manualværket er udført på baggrund af de skriftlige kilder fra Nørre Tranders og med 3 registre fra slutningen af 1500-tallet, som Poul-Gerhard Andersen stillede til rådighed.
Manualværkets disposition er således (gengivet efter Poul-Gerhard Andersens rapport om restaureringen):
- Principal 8': C-h nye piber af 75% tin, c'-c"' originale Børglum-piber fra Demant
- Gedakt 8': C-H gamle piber af træ - originale Børglum-piber. c'-c"' Brebus piber fra Stege
- Oktav 4': C-c"' originale Børglum-piber
- Gedaktfløjte 4': C-c" originale Børglum-piber fra Gedakt 8' c"-c"' nyere koniske piber
- Oktav 2': nyere piber
- Gemshorn 2': originale Børglum-piber
- Quint 1?: Brebus - Nyborg
- Sesquialtera II: Gedaktquint 22/3' Brebus - Nyborg, fra gis Terts 13/5' nyere koniske piber
- Mixtur III: nyere piber
»Nyere piber« er alle mindst 50 år gamle.
Orglet er stemt efter Werkmeisters stemning med den temperering, som det oprindelig har haft. Til gengæld er tonehøjden den normale, hvor a' har 440 Hz ved 20oC, så der ikke er problemer ved sammenspil med andre instrumenter.
Den engelske organist Roger Fisher har karakteriseret orglet i en artikel:
The temperament is not equal, but one of Werckmeister's tunings and, as played to me by Lars Colding Wolf, it sounded most musical in quite a comprehensive programme of 17th and 18th century music. All the Principal toned registers are very mild and without the aggressive hardness which has bedevilled the so much of the Orgelbewegung style. These registers have little more in the way of harmonics than an English Clarabella, but the chorus is nevertheless cohesive, glowing and sparkling in a wonderful acoustic. The pitch is A440 at 200C, so there is no problem in playing alongside stringed and wind instruments. Taken on its own, though, the Quinte and the Sesquialtera give us captivating tone colours and a wide range of registrations is possible on account of the excellent blend.
The acoustic is clear and warm and the sound travels floats easily into the body of the building. There is sufficient power to engage the listeners' attention, but the sound is stylish and totally unforced. Provided one plays baroque or classical music (and Hindemith?) registration is not a problem and it would be easy to choose recital programmes which could a keep listeners entertained for an hour or more (the problem being only that the pews are a little cramped and rather hard to sit on for longer periods).
This organ is not only a historic survival of great quality and antiquity, but also a musical triumph for P G Andersen. It was a pleasure and a privilege to hear and play - it is played regularly and I hope that it will remain in good condition and in its present form for ever!
Roger Fisher: The Organ in Børglum Monastery. The historic centre of Vendsyssel.
Kassebælgen er sandsynligvis købt brugt i Skt. Peders kirke, Næstved. Den blev trådt af kirkebetjenten indtil 1979. Den er fuldt funktionsdygtig, men er ikke tilsluttet orglet.
Kilde: Poul-Gerhard Andersen: Beretning om restaurering af orglet i Børglum Kloster Kirke 1979 (upubliceret).