Samtlige kalkmalerier i kirken er udført af Sæbyværkstedet - det dominerende kalkmaleriværksted i Aalborg stift, der udover Vrå har lavet udsmykninger i
Udsmykningen i Vrå er dateret til 1510-25. Kalkmalerierne blev afdækket og restaureret første gang 1904-05 og er senere blevet genrestaureret i 1945, 1959 og for korets vedkommende igen i 2004.
Dømmende Kristus. Da den nuværende altertavle blev stillet op o. 1670, har kalkmaleriet (over 150 år gammelt) måske allerede være overkalket, eller man kan forestille sig, at det har været snavset og nusset og ganske utydeligt, så det ikke har genereret, at altertavlens topstykke har dækket det meste af motivet.
Det er en &rquo;klassisk« dommedagsfremstilling, vi finder i Vrå kirke: den dømmende Kristus i korets østkappe, Himlens borg i nordkappen og de fortabte, der forsvinder i Helvedes gab i sydkappen. Motivet findes i mange varianter. Nogle gange er det malet sammen i ét billede som f.eks. i Jetsmark.
Kristus sidder på en regnbue med løftede hænder, så man kan se sårmærkerne, og med tøjet draperet således, at man kan se mærket efter spydstikket. Bag altertavlen kan man se sårmærkerne i hans fødder.
Fra hans højre mundvig udgår en lilje, der symboliserer nåden. Det er samme side som nordkappens Himmelborg. På skriftbåndet på hans højre side står der på latin: »Venite benedicti patris mei precipite regnum - Kom, velsignede, I skal have min faders rige.«
Fra Kristi venstre mundvig (billedets højre side) udgår et sværd, der symboliserer dommen. Det er samme side som de fortabte i Helvedes gab i sydkappen. På skriftbåndet står der - igen - på latin: »Ite vos maledicti in ignem eternam - Gå, I forbandede, til den evige ild.«
De døde kommer op af gravene - til dom og frelse. Det modsvares af englen øverst i billedet, der kommer frem bag skyen og blæser i trompet eller fanfarehorn. På tekstbåndet står der: »Surgite mortui - Rejs jer, I døde!«
I billedets højre side knæler Johannes Døber. Han kendes på sin kamelhårsdragt. Han folder hænderne og beder: »Poenam domine parce populo tuo - Skån, Herre, dit folk for straffen.«
I billedets venstre side står Maria. Hun siger: »Beate miserere nobis - Du salige, forbarm dig over os.« Som på så mange andre fremstillinger af motivet holder hun sit nøgne moderbryst frem mod sin Søn. Det symboliserer hendes forbøn for dem, der nu skal dømmes. Det er nemlig underforstået, at hun siger: »Når nu du skal dømme mennesker, så er de afhængige af dig. Men tænk på, at du selv har været afhængige af andre som den gang, da du diede dette bryst.«
Bemærk, at Maria er Jomfru Maria. Hun har ikke den gifte kones tørklæde på, men derimod den unge ugifte kvindes udslåede hår.
Både Johannes og Maria har glorie - ligesom Kristus selvfølgelig har det. I hans glorie er der et kors.
Sct. Peter står med nøglen til Himlens borg - en lukket forsvarsborg. I følget, der venter på at blive lukket ind, ses bl.a. en pave, en biskop, en konge og en munk. Bagved ses nogle kvinder med konetørklæde. I tekstbåndet (datidens taleboble) står der på latin: »Venite fratres carissim(i) - Kom kæreste brødre!« Motivet - Sct. Peter ved Himlens borg - er traditionelt, idet det i hvert fald findes i en 60-70 danske kirker. Teksten er derimod meget usædvanlig. Det er blevet tolket på den måde, at især ordet »brødre« gør det nærliggende at tænke på, at ordene er specielt henvendt til de gejstlige.
Et par djævle indfanger de fortabte og driver dem ind i Helvedes gab. Inde i gabet ses en pave med den karakteristiske tredelte hovedbeklædning.
I midten ses en rød djævel med træben, der slæber af sted med en fortabt i benet. Han blæser samtidig i trompet. På skriftbåndet står der: »Ve ve nobis quia in infernu sunt - Ve, ve os, fordi vi er i Helvede.«
Til venstre en anden djævel, der svinger med en morgenstjerne. Han har i al sin grufuldhed også et ansigt på brystet. Han driver en bisp med den trekantede bispehue hen mod gabet. Bispen peger på en nøgen kvinde med konetørklæde. Måske hans kone på trods af cølibatet? Til venstre for dem ses resterne af endnu en djævel. Kun bukkehornene kan ses - og hængelåsen i halen.
Det er bemærkelsesværdigt, at der findes gejstlige af høj og lav rang både blandt de fortabte og blandt de frelste ved Himlens borg i nordkappen. På den måde bliver det forkyndt, at der ikke er personsanseelse ved dommedag.
Manden på dødslejet - eller Ars moriendi (kunsten at dø). Det er et usædvanligt motiv, der i Danmark (inklusive det gamle Østdanmark øst for Øresund) kun findes i Vrå og Sæby.
Billedet er malet efter et forlæg, en Ars Moriendi-udgave med 11 træsnit. Se eksemplet på et sådant træsnit, hvor djævelen frister den døende til utålmodighed frem for at affinde sig med situationen. Illustrationen stammer fra Eva Louise Lillie: Lærdommens billeder. Der er dog tale om en fri fortolkning. De 10 træsnit skildrer menneskets anfægtelser og kampen mellem gode og onde kræfter repræsenteret af engle og djævle. Det 11. træsnit skildrer udgangen på kampen: Det godes sejr.
Man ser den netop døde mand ligge i sengen med de høje gule sengegærder. En kvinde trykker et lys ind i hånden på ham. Bag sengen ses kampen om den dødes sjæl - i skikkelse af et lille barn. Til højre en djævel med hestehov og ørneklo og hæslige ansigter de utroligste steder på kroppen. Han har en lang tunge og store rullende øjne. På et af ansigterne er der noget, der ligner en elefantsnabel, der har fat i sjælen. Noget tyder dog på, at den flyvende engel, der er parat til at svinge sit store sværd, har overtaget med et væsentligt bedre greb. Over englen et ulæseligt skriftbånd.
Længst til venstre i billedet ses står en kvinde og hælder noget op i et glas. Til højre for hende ses et ungt par, der er meget optaget af hinanden. Måske er det den unge enke og hendes elsker? De er dog ikke mere optaget af hinanden, end at de begge har en hånd dybt begravet i pengekisten. Forklaringen står at læse på tekstbåndet, der som det eneste i kirken er skrevet på dansk - og tilmed på rim: »Vordh thy ey adh han er døth, men vi hawe thy guld sa rødh - Bryd dig ej om, at han er død, for vi har det guld så rød!«
Som nævnt findes motivet også i Sæby kirke, men her med anden anden udgang af historien, idet djævelen går entydigt af med sejren, mens englen står sørgende og ser til. Rester af en dommedagsscene findes i Nibe kirke.